Vào tháng 2 năm 1689, Christina, 62 tuổi, bị ốm nặng sau chuyến viếng thăm các ngôi đền ở Campania. Bà mắc bệnh tiểu đường. Christina dường như đã hồi phục, nhưng vào giữa tháng 4, bà bị nhiễm khuẩn streptococcus cấp tính được gọi là erysipelas, sau đó bị viêm phổi và sốt cao. Trước khi chết, bà đã gửi tin nhắn cho giáo hoàng hỏi liệu ông ta có thể tha thứ cho những lời lăng mạ của bà không. Bà qua đời vào ngày 19 tháng 4 năm 1689 tại Palazzo Corsini lúc sáu giờ sáng.[111]

Christina yêu cầu được chôn cất đơn giản tại Pantheon, Rome, nhưng giáo hoàng kiên quyết tổ chức một cuộc diễu hành thắp sáng trong bốn ngày trong Cung điện Riario. Bà được ướp xác, phủ thổ cẩm trắng, đeo mặt nạ bạc, vương miện mạ vàng và vương trượng. Lễ rước vào ngày 2 tháng 5 đưa bà từ Santa Maria ở Vallicella đến Nhà thờ Thánh Peter, và được chôn cất trong hầm mộ giáo hoàng. Bà là một trong ba người phụ nữ duy nhất có vinh dự này (cùng với Matilda của Tuscany và Maria Clementina Sobieska)[note 11]

Vào năm 1702, Clement XI thuê dựng tượng cho bà và đặt trong Vương cung thánh đường Thánh Peter.[note 12]

Christina chỉ định Azzolino là người thừa kế duy nhất của mình để đảm bảo các khoản nợ được giải quyết, nhưng ông ốm yếu đến nỗi không tham dự được đám tang của bà, và qua đời vào tháng 6 cùng năm. Cháu trai của ông, Pompeo Azzolino, là người thừa kế duy nhất và đã nhanh chóng bán hết các bộ sưu tập nghệ thuật của Christina.